计算模拟实验室于1998年组建，经过十几年的发展，目前拥有Mercury、Venus、Earth、Mars、Jupiter共五套高性能计算集群，含273个计算节点，共3508个CPU核，峰值速度总计超过每秒50万亿次浮点运算。
计算模拟实验室以这些高性能计算机为手段开展大规模的科学计算研究，通过分子动力学模拟和量子力学第一性原理计算，探索地球内部物质的组成及其物理化学性质，与地球内部结构研究相结合，为认识地球内部动力学过程提供基本参数和理论依据。目前研究方向主要包括地幔、地核的物质组成与性质、地球早期原始岩浆洋的地球化学分异、地球深部碳循环、地核发电机、地幔对流动力学等。
计算模拟实验室多年来计算设备的平均使用率高达90%以上，为科研任务提供了海量的计算机时。先后承担了国家973项目、国家自然科学基金项目（群体、杰青、重点、面上、青年等）、中国科学院B类先导专项等十多项研究任务，在国际权威期刊上发表科研论文近百篇，并获得国家自然科学奖二等奖、全国百篇优秀博士论文奖等。
计算模拟实验室面向所内外科研人员开放，用户通过互联网远程登录计算平台提交作业。所内人员可以直接填写附表申请计算机时，所外人员可以通过申请中国科学院地球与行星物理重点实验室开放课题的方式获得计算机时。
